AF647（Alexa Fluor 647）是Alexa Fluor染料家族中一种发远红（far-red）荧光的染料，是最常用的一种AF染料之一，在重要实验中，常常被用于替代Cy5染料。AF647的极性大，水溶性极好，荧光稳定性能也不错，能耐受较长时间照射，特别适应于标记蛋白质，是二抗标记的常规荧光染料。尽管AF647的量子产率不算高，但是其消光系数非常高（即表现为颜色深，分子吸收光子能力强），所以AF647的荧光亮度很高，另外，由于远红光区样品背景弱，而CCD相机对该区光子检测都较灵敏，所以各种因素加成之下，让AF647成为最灵敏的荧光染料之一，常常可检测出丰度非常低的样品。AF647的ex/em和Cy5非常接近，因此在常规荧光显微镜时可使用Cy5滤片组；在共聚焦显微成像时，633nm激光束可以良好的激发该染料，594nm激光也可以通过该染料的肩峰激发，很好的适配了生物实验室常规平台激光器，包括常规共聚焦显微镜、流式细胞仪和荧光扫描仪等。

NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester, SE)是生物标记反应中最常用的活化基团。NHS活化AF647分子中的羧基，让它可以和目标生物分子上的胺基（主要伯胺）反应生成稳定的酰胺键，从而把AF647荧光分子标记到生物大分子上。